Mecanismos moleculares involucrados en el transporte de antibióticos a bacterias

Hay una característica sorprendente en Synechocystis; es decir, carece significativamente de la estructura del operón en comparación con otros genomas bacterianos. Esto también se muestra por el número inusualmente alto de proteínas de unión a ATP huérfanas en el bloque inferior de la Tabla 1. Siempre que se observa el operón, el orden de los genes, así como el número de genes, en el operón tiende a conservarse en cada grupo. Por ejemplo, el operón del grupo 1-1 a menudo consta de una proteína de unión a sustrato, dos permeasas y una proteína de unión a ATP con un solo dominio, que se ordenan en la dirección 5 ′ → 3 ′ (Fig.2).

Para limitar cualquier mezcla potencial de las membranas, la membrana interna se recolecta de la parte superior del tubo mientras que la membrana externa se recolecta perforando la parte inferior del tubo y permitiendo que se recolecte la banda inferior. No recopilamos una serie de gradientes como los revisores pueden haber visto realizados por otros laboratorios. La siguiente imagen puede resultar útil para que los lectores comprendan este proceso y visualicen la clara separación de las membranas de A. Podemos santamisa.es afirmar que visualmente no observamos diferencias en la separación de membranas de mutantes mla en relación con el tipo salvaje, pero no registramos imágenes de esas separaciones de membranas una al lado de la otra. Si esas imágenes fueran útiles, podemos repetir el procedimiento de fraccionamiento para demostrarlo. Agradecemos la oportunidad de responder a los atentos comentarios de los revisores y de compartir nuestro plan para revisar nuestro manuscrito para mejorar la idoneidad para su publicación en eLife.

Aunque los valores iniciales del marcado de isótopos variaron, observamos consistentemente un aumento en el marcado en las membranas internas de los mutantes mla en comparación con la membrana externa que no observamos en el tipo salvaje, a través de múltiples experimentos. Presentamos algunos datos sin procesar y no datos normalizados, ya que muchos podrían enviar porque el etiquetado inicial no es relevante y podría verse alterado por las cantidades de acetato sin etiquetar versus etiquetado en el cultivo. Valoramos la necesidad de asegurar a los lectores que la separación de las membranas interna y externa realizada en este estudio es válida.

Tenemos la intención de proporcionar controles enzimáticos para verificar aún más la separación adecuada de las dos membranas. Ya tenemos datos que respaldan la integridad de nuestras muestras utilizando un ensayo NADH, como se muestra software construccion en la Imagen de respuesta del autor 1. Nuestro gradiente de sacarosa contiene tres concentraciones distintas de sacarosa, y las membranas interna y externa se separan en bandas distintas que se recolectan individualmente.

Por el contrario, una disposición de genes común en el grupo 2 es una proteína de unión a sustrato, una proteína de unión a ATP que es una proteína de doble tamaño con dos dominios y una permeasa en la dirección 5 ‘→ 3’. A continuación, buscamos determinar la arquitectura del complejo MlaFEDB purificado mediante microscopía crioelectrónica de una sola partícula (crio-EM). Los promedios de la clase 2D eran ricos en características y los componentes individuales dentro del complejo eran claramente identificables. Alguna flexibilidad inherente en el complejo fue aparente en estos promedios de clase 2D, lo que sugiere que la orientación relativa de los componentes no está rígidamente fija, lo que también puede limitar la resolución final de nuestros mapas de densidad.

Los componentes del sistema Mla interactúan directamente con Gpl

Cabe señalar que, si bien la posición general de MlaB dentro del complejo es clara, su orientación relativa a MlaF no está bien definida por el mapa y los detalles de esta interacción esperan una mayor investigación. La densidad central restante corresponde muy probablemente a la subunidad transmembrana, MlaE, junto con seis hélices transmembrana adicionales de las subunidades MlaD. Basándonos en el volumen de la región transmembrana y la aparente simetría doble del mapa, inferimos que lo más probable es que haya dos copias de la subunidad MlaE, aunque la modesta resolución de nuestra reconstrucción crio-EM no nos permite rastrear la MlaE subunit de novo. El aparente desajuste de simetría entre los conjuntos de permeasa hexamérica MlaD y dimérica implica que la interfaz MlaD-MlaE no puede ser idéntica para cada una de las seis subunidades MlaD. A los revisores les preocupaba cierta variabilidad en la incorporación inicial del marcador en el ensayo radiomarcado. Somos conscientes de que durante la primera hora de exposición, la velocidad inicial a la que se absorbió el acetato de C13 y se utilizó para sintetizar la GPL parece variar dentro de una única cepa en diferentes experimentos, como se puede ver al examinar el archivo complementario 2.

• Normalmente, esto es beneficioso ya que los huecos podrían ser reemplazados por LOS, preservando la asimetría.
• Presumimos que tras la deficiencia de LOS, Mla y PldA funcionan como han evolucionado para hacerlo, que es degradar o eliminar las GPL de la valva exterior de la membrana exterior.
• Sin LOS, las principales especies de lípidos de la membrana externa deben ser las GPL.

El sistema Mla es necesario para la integridad de Baumannii Om

Se pueden ajustar dos copias del modelo de ATPasa MlaF en el mapa, dejando dos pequeñas densidades adyacentes a cada subunidad MlaF. Estas dos densidades tienen aproximadamente el tamaño y la forma de un dominio STAS, lo que permite el acoplamiento de dos copias del modelo MlaB en el mapa.

Nos gustaría agradecer a los revisores y editores por su tiempo y discusiones cuidadosas en torno a este trabajo. Dadas las preocupaciones de los editores y revisores, nos gustaría ofrecer las siguientes aclaraciones huertasencasas.com de puntos clave. Los revisores parecían tener tres puntos principales de preocupación por los cuales creemos que podemos responder rápidamente y facilitar la publicación de nuestro manuscrito.

La clasificación y el refinamiento 3D produjeron un mapa de densidad de resolución de ∼10 Å. La simetría de seis veces del anillo MlaD es fácilmente evidente en un extremo del mapa, que podría encajar bien con la estructura cristalina hexámera, MlaD, con densidad adicional para la hélice transmembrana N-terminal desde cada subunidad extendiéndose hacia la membrana región. El extremo opuesto del mapa es aproximadamente dos veces simétrico, consistente con el estado dimérico de los transportadores ABC conocidos.